Die Ursachen funktioneller Magen-Darm-Beschwerden sind bis heute nicht in allen Einzelheiten geklärt. Fest steht jedoch, dass zur Entstehung des Krankheitsbildes viele verschiedene Umstände beitragen. Neben einer genetischen Veranlagung können das Nahrungsmittelunverträglichkeiten, überstandene Magen-Darm-Infekte, Störungen der Darmschleimhautbarriere, sowie Veränderungen des Darm-Mikrobioms sein.
Diese unterschiedlichen Faktoren beeinträchtigen den koordinierten Transport der Nahrung im Verdauungssystem und führen zu einer Beschleunigung bzw. Verlangsamung des Vorgangs oder zu einem gegenläufigen Zusammenziehen der Darmmuskulatur. So erklärt sich die oft sehr unterschiedliche Symptomatik bei Betroffenen. Um eine ernsthafte Erkrankung als Ursache auszuschließen, sollte in jedem Fall eine Untersuchung durch den Arzt erfolgen.